食品微生物学检验是运用微生物学的理论与技术，按照相应的检验方法检测食品中微生物的种类和数量，并根据国家微生物限量标准，评价食品卫生、质量与安全的一门应用性学科。GB 4789.1《食品安全国家标准 食品微生物学检验 总则》规定了食品微生物学检验基本原则和要求，其适用于所有食品的微生物学检验。
一、实验室基本要求
1.检验人员
微生物检验应由具有相应的微生物专业教育或培训经历，掌握包括常规微生物检测、无菌操作、消毒知识、生物防护等相关的知识和专业技能，并具备相应检验资质的人员实施检验。
2.环境与设施
食品微生物检验应在洁净区域进行。洁净区域的级别应按照GB 50687《食品工业洁净用房建筑技术规范》中“附录A 食品生产良好卫生生产环境”中规定的 “Ⅱ级背景下的Ⅰ级”，即传统意义上10000级背景下的100级。病原微生物的分离鉴定工作应在二级或以上生物安全实验室进行，生物安全实验室应按照GB 50346《生物安全实验室建设技术规范》设计和施建，并符合《中华人民共和国生物安全法》(草案)、GB 19489《实验室 生物安全通用要求》等要求，以保证人员与环境的生物安全。
3.实验设备
实验室应配备满足检测工作要求的仪器设备，如天平、培养箱、水浴锅、冰箱、均质器、显微镜、生物安全柜等。其中培养箱的配置应考虑到用途、控温范围、控制精度和数量的要求。对结果有重要影响的仪器的关键量或值，如培养箱温度及其均匀性和稳定性等指标要求，应纳入设备的校准/检定计划，并保证校准/检定设备的修正因子/误差得到及时更新和正确使用。
4.检验用品
无菌采样容器、试管、平皿、锥形瓶等在使用前应保持清洁和/或无菌。无菌工器具和器皿应有明显标识以与非无菌工器具和器皿加以区别。
5.培养基和试剂
培养基和试剂的制备和质量要求按照GB 4789.28的规定执行。
6.质控菌株
实验室必须保存有满足试验需要的标准菌种/菌株，除检测方法中规定的菌种外，还应包括应用于培养基（试剂）验收/质量控制、方法确认/证实、阳性对照、阴性对照、人员培训考核和结果质量的保证等所需的菌株。标准菌株应可溯源至微生物菌种保藏专门机构或专业权威机构。
二、样品的采集
1.采样原则
采样是食品检验过程中首要而且极其重要的环节，其对检验的结果的有效性有着直接影响。因微生物分布的不均匀性，采样应遵循随机性和代表性的原则，过程遵循无菌操作程序，防止一切可能的外来污染。
2.采样方案
根据检验目的、食品特点、批量、检验方法、微生物的危害程度等确定采样方案。采样方案分为二级和三级采样方案。二级采样方案设有n（同一批次产品应采集的样品件数）、c（最大可允许超出m值的样品数）和m值［微生物指标可接受水平限量值(三级采样方案)或最高安全限量值(二级采样方案)］，三级采样方案在二级采样方案的基础上设有M值（微生物指标的最高安全限量值）。
对于沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠埃希氏菌O157:H7等危害程度高的微生物，GB 29921《食品安全国家标准 食品中致病菌限量》中规定均为二级采样方案：n=5，c=0，m=0。对于金黄色葡萄球菌和副溶血性弧菌危害程度较低的微生物，GB 29921规定均为三级采样方案，如水产制品中金黄色葡萄球菌和副溶血性弧菌限量标准均为：n=5，c=1，m=100 CFU/g，M=1000 CFU/g，含义是从一批产品中采集5个样品，若5个样品的检验结果均小于或等于m值(≤100 CFU/g)，则这种情况是允许的；若≤1个样品的结果(X)位于m值和M值之间(100 CFU/g<X≤1000 CFU/g)，则这种情况也是允许的；若有2个及以上样品的检验结果位于m值和M值之间，则这种情况是不允许的；若有任一样品的检验结果大于M值(>1000 CFU/g)，则这种情况也是不允许的。
3.采集样品的贮存和运输
采样后应在接近原有贮存温度条件下贮存样品，或采取必要措施防止样品中微生物数量的变化，尽快将样品送往实验室检验，并在运输过程中保持样品完整。
三、检验
1.样品处理
实验室接到送检样品后认真核对登记，并按要求尽快检验，若不能及时检验，应采取必要的措施，防止样品中原有微生物因客观条件的干扰而发生变化。各类食品样品处理应按相关食品安全标准检验方法的规定执行，GB 4789系列（17-25）共有包括肉与肉制品、乳与乳制品、蛋与蛋制品等9个食品类别的样品处理方法。
2.样品检验
按食品安全相关标准的规定进行检验，一般食品中微生物指标都采用GB 4789系列进行采样、前处理和检验。但也有些产品类别在相应食品安全国家标准中有明确要求，如GB 8537《食品安全国家标准 饮用天然矿泉水》、GB 14963《食品安全国家标准 蜂蜜》中的嗜渗酵母计数、GB 14934《食品安全国家标准 消毒餐（饮）具》等。如GB 17400《食品安全国家标准 方便面》微生物限量明确适用于面饼和调料的混合检验。
3.过程质量控制
实验室应根据需要设置阳性对照、阴性对照和空白对照，定期对检验过程进行质量控制。同时也应定期对实验人员进行技术考核，加强实验室各要素风险评估和过程质量控制。
四、记录与报告
实验室应按照检验方法中规定的要求，准确、客观、及时地记录实验现象并报告检验结果。日常抽检微生物原始记录也有相应的信息要求，如应包含样品编号、检验时间、检测地点、检测项目、检测依据、检测关键设备名称和编号、关键培养基名称（追溯至具体品牌、批号及配制记录）、关键试剂信息、检验过程中使用的标准菌株信息、样品具体取样量及所使用稀释液名称、培养箱温度及培养时间、详细结果记录、空白、阴性和阳性对照结果记录等信息。
五、检验后样品的处理
检验结果报告后，被检样品方能处理。检出致病菌的样品要经过无害化处理。鉴于微生物分布的不均匀性和动态变化性，国际食品法典委员会颁布的《食品微生物标准的制定和应用原则》规定，不合格批次不得通过复检否定初次检验的结果。同理，GB 4789.1规定“检验结果报告后，剩余样品和同批产品不进行微生物项目的复检”，《食品安全抽样检验管理办法》（总局15号令）也明确规定“检验结论为微生物指标不合格的食品不予复检”。
